Comme nous l'avons expliqué précédemment, nous utilisons l'hypnothérapie pour communiquer avec la partie inconsciente de notre esprit. L'inconscient peut contrôler non seulement nos émotions et nos habitudes, mais aussi le système autonome. Le système autonome contrôle les fonctions végétatives telles que les fonctions nutritionnelles, métaboliques et endocriniennes, y compris l'alimentation, le sommeil, les menstruations, la fonction intestinale, l'activité de la vessie et les performances sexuelles, est séparé en deux parties: le système sympathique et parasympathique.

Le système sympathique contrôle nos réponses au stress, le «combat, fuite ou gel», il prépare le corps à une action d'urgence. Il fait battre le cœur plus vite et plus fort, la tension artérielle augmente, la respiration accélère, libérant la glycémie du foie et l'adrénaline des glandes surrénales.   L e système parasympathique rétablit par contre le calme et conserve l'énergie du corps.

Pendant l'hypnothérapie, nous détendons le système nerveux autonome, nous utilisons l'inconscient pour modifier les déséquilibres ou les dysfonctionnements qui peuvent survenir au sein du SNA. Donner au corps une chance de renforcer son système immunitaire, de libérer le stress et de rétablir l'harmonie dans le corps.